La historia comienza cuando Arata toca fortuitamente la “Hermes Apocrypha”, el Grimorio de Lilith. De repente se ve envuelto en una brillante luz blanca y una chica aparece frente a él. Esta, que se llama Lilim, trata a Arata y a la propia Lilith como si fueran sus padres. Al mismo tiempo que aparece Lilim, algo cambia en el mundo; despierta la prohibida Biblioteca Eterna en la que se encuentra sellada la última culminación de Alquimia: El Señor Demonio Blanco. El demonio planea eliminar a Arata y a los Trinity Seven para usurpar la posición de Señor Demonio. Para ello, ataca a Arata y desencadena una crisis desesperada en la que el protagonista y los Trinity Seven deben salvar al mundo en esta última batalla.