La historia tiene lugar en Ikusei Koudo, la escuela de prestigio por excelencia que cuenta con instalaciones de última generación en las que casi el 100% de los alumnos pueden ir a la universidad y encontrar trabajo. En ella los estudiantes tienen la libertad de llevar el peinado que quieran y de traer todos los efectos personales que deseen. Ikusei Koudo es una escuela paradisíaca, pero lo cierto es que sólo los alumnos superiores son bien tratados. El protagonista Ayanokouji Kiyotaka pertenece a la Clase-D, aquella en la sólo están los estudiantes inferiores que son ridiculizados por el resto de la escuela. Sin embargo, después de conocer a Horikita Suzune y Kushida Kikyou, otras dos estudiantes de su misma clase, la situación de Kiyotaka comienza a cambiar.